La Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna (CEPANAF) fue creada en el año de 1978 como un organismo desconcentrado del Poder Ejecutivo, teniendo como propósito fundamental contribuir a la preservación del equilibrio ecológico y brindar a la comunidad alternativas de esparcimiento y recreación cercanas a sus lugares de origen.
Los primeros parques que administró la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna fueron "El Ocotal" (Timilpan) y "La Isla de las Aves" (Atlacomulco), más tarde se creó el "Parque José María Velasco" (Temascalcingo) y a finales de 1978 se iniciaron las obras del Zoológico de Zacango dentro del "Parque Tollocan-Calimaya", el cual fue inaugurado el 8 de diciembre de 1980.
En esta época se creó también el "Parque Atizapán—Valle Escondido" (Los Ciervos) en el municipio de Atizapán de Zaragoza. En el año de 1981 la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna fue sectorizada a la Secretaría de Educación, Cultura y Bienestar Social, siendo al mismo tiempo sujeta a un proceso de reestructuración administrativa, la cual comprendió, principalmente, la creación de la Jefatura de Difusión y Propaganda. Asimismo, se le encomendó la administración del "Parque del Pueblo" (Nezahualcóyotl), del "Centro Ceremonial Mazahua" (San Felipe del Progreso), del "Parque Sierra de Guadalupe" (Tultitián, Tlalnepantla y Ecatepec) y del "Parque Sierra Morelos" (Toluca y Zinacantepec). Para el año de 1982 se responsabilizó a la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna del control y manejo del "Centro Ceremonial Otomí" (Temoaya), del "Santuario de la Mariposa Monarca" (Donato Guerra), del "Llano Canalejas" (Jilotepec), del "Parque Hermenegi!do Galeana" (Tenancingo) y del "Rancho San Sebastián Luvianos", localizado dentro del "Parque Sierra de Nanchititla" (Tejuplico).
En 1985 fueron entregados a la CEPANAF, para su conducción, las "Grutas de la Estrella" (Tonatico), la "Presa del Llano" (Villa del Carbón), el "Parque de los Venados" localizado en el "Parque Nacional Nevado de Toluca y el "Parque el Salto" (Donato Guerra). Más adelante, en el año de 1985 se adquirieron los terrenos en los cuales sería establecido el Parque Cinegético Nanchititla dentro de las instalaciones del Parque Sierra Nanchititla, y para 1988 se le transfirió a la Dirección de Turismo el manejo de las Grutas de la Estrella.
En ese tiempo se creó el Departamento de Flora y Ecología, dentro de la estructura orgánica de la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna. En septiembre de 1988 la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna fue sujeta a un proceso de reestructuración orgánica encaminado al fortalecimiento de su organización, a fin de coadyuvar al cumplimiento eficiente de sus objetivos y funciones; de esta manera se crearon los Departamentos de Control Técnico e Informática y de Actividades Recreativas. En ese mismo año, la Comisión fue incorporada al Sector Agropecuario, por lo que fue necesario efectuar una redefinición de su estructura quedando integrada por dos Subdirecciones, una Unidad de Control Interno y siete departamentos. Posteriormente, derivado de la creación de la Secretaría de Ecología, por Acuerdo del Ejecutivo del Estado, publicado en el periódico oficial "Gaceta del Gobierno" el 30 de marzo de 1992, la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna quedó sectorizada a esta dependencia.
La Comisión realizó diversas actividades, entre las que destacaron la administración de 19 parques estatales y seis nacionales que transfirió la Federación en el año de 1995. Entre 1995 y 1998 el Gobierno del Estado de México, a través de la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna, transfirió a los municipios correspondientes los siguientes parques: Los Remedios (Naucalpan), Sacromonte (Amecameca), Molino de las Flores (Texcoco), Los Ciervos (Atizapán de Zaragoza), Alameda 2000 (Toluca), El Llano (Jilotepec), Las Sequoias (Jilotepec), el Parque del Pueblo (Nezahualcóyotl), "José María Velasco" (Temascalcingo), Tlatucapa (Ocuilan) y Presa del Llano (Villa del Carbón). El 24 de abril de 2001 se autorizó a la Comisión una nueva estructura, pasando de 11 a 14 unidades administrativas, con la creación de la Subdirección de Áreas Naturales Protegidas y dos jefaturas de departamento: la de Atención de Áreas Naturales Protegidas Zona Poniente y Atención de Áreas Naturales Protegidas Zona Oriente. Con la finalidad de redefinir la naturaleza jurídica de la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna y sus atribuciones, el 9 de enero de 2004 se publicó en el periódico oficial "Gaceta del Gobierno" el Decreto del Ejecutivo del Estado por el que se Transforma el Órgano Desconcentrado Denominado Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna en Organismo Público Descentralizado, para dotarlo de personalidad jurídica y patrimonio propios a fin de implementar con mayor eficiencia los programas y acciones que tiene encomendados.
El 12 de enero de 2005 se publicó en el periódico oficial "Gaceta del Gobierno" el Reglamento Interior de la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna, a fin de regular su organización y funcionamiento de acuerdo a la estructura de organización autorizada. Posteriormente, el 23 de agosto de 2005 por Decreto número 156, la Secretaría de Ecología cambió su denominación por Secretaría del Medio Ambiente, con la finalidad de fortalecer y precisar la conservación y protección del ambiente en la entidad. Por ello, actualmente la Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna es un organismo público descentralizado de la Secretaría del Medio Ambiente.