La Comisión Estatal de Parques Naturales y de la Fauna gestiona y vigila la operación de los Programas de Manejo Forestal en las Áreas Naturales Protegidas, a través de trabajo de campo y gabinete para que en los predios sometidos a manejo forestal en las Áreas Naturales Protegidas o Parques administrados por la CEPANAF; se realicen en total apego a la normatividad vigente en materia forestal y ambiental, con el propósito de conservar los ecosistemas forestales a través de un manejo sustentable de sus recursos.
A través de la detección y pronta atención a las plagas y enfermedades forestales que dañan a las masas forestales en las Áreas Naturales Protegidas o Parques Administrados por la CEPANAF, esta Comisión atiende mediante la gestión ante las Instancias competentes los procedimientos y mecanismos para evitar su propagación y mantener la calidad de la cobertura forestal y los servicios ecosistémicos.
Con el propósito de contribuir en la restauración de las funciones hidrológicas y ecológicas de las áreas afectadas por incendios forestales, plagas y enfermedades o erosión hídrica o eólica en las Áreas Naturales Protegidas y Parques Administrados por esta Comisión, se promueve la restauración de suelos, filtración de agua y recarga de mantos acuíferos para recuperar la cobertura forestal. Estos trabajos se realizan con apoyo de organizaciones civiles, instituciones académicas, empresas comprometidas con el medio ambiente e instancias gubernamentales.
Para aumentar la cobertura forestal en las Áreas Naturales Protegidas y Parques administrados por la CEPANAF, uno de los objetivos de esta Comisión, es fortalecer alianzas con diversas instituciones, organizaciones, empresas y particulares para combatir la deforestación en estos sitios. Una vez identificadas las zonas desprovistas de vegetación y de realizar la gestión correspondiente para la adquisición de planta, esta se traslada a las zonas definidas para reforestar con las personas y grupos interesados en conservar los recursos forestales.
Con el propósito de promover el entendimiento de la población respecto del manejo forestal en las Áreas Naturales Protegidas y Parques administrados por la CEPANAF; en coordinación con la unidad de promoción, difusión y relaciones públicas de este Organismo, así como del comité estatal de educación y cultura forestal, se desarrollan acciones para sensibilizar a la población sobre la importancia de estos trabajos brindando asesoría, información y orientación.